日月潭玄奘寺為紀念唐代高僧玄奘法師對佛教在中國發展的貢獻所建立。為仿唐式建築，碧瓦朱柱、古樸無華，環境清幽，前臨日月潭，後依青龍山，地理勘輿師稱該寺占「青龍戲珠」寶地，是玄奘大師頭骨舍利安奉處所。
玄奘大師(602-664)，俗姓陳，名禕，出生於今河南省偃師市南境。13歲出家於淨土寺，21歲受具足戒，28歲因感聖典之不足，發願赴印度求法。
從玉門關經西域諸國，備嘗旅途艱辛入印度。除在那爛陀寺，親近戒賢論師之外，足跡遍全印度諸國，或親近名師學法、陞座講解經論、伸張正法、降伏外道。十七年後，唐貞觀19年(645)返回長安，帶回經律論，五百二十夾、六百十七部，奉詔翻譯，使三藏聖典更加完備，功不可沒。
1944年中日戰爭期間，日本人在南京大屠殺後，在要興建神社的地點挖到明朝大報恩寺遺址，發現玄奘大師頭骨舍利及相關文物，之後將一部分頭骨舍利帶回去日本，供奉在日本崎玉縣慈恩寺。
民國44年11月25日，全日本佛教會推派埼玉縣佛教會會長倉持秀峰，慈恩寺住持大島見道等五位高僧，護送玄奘大師部分靈骨，歸還台灣，安置台北市善導寺，供各地信徒參拜，民國45年5月28日，奉安於日月潭畔奉安所(即玄光寺)，因該所規模太小，乃奉蔣總統指示，於民國49年興建巍峨莊嚴之玄奘塔寺(現今名：玄奘寺)，民國53年落成。
一、日月潭玄奘寺
四柱三間牌樓，牌樓外可俯瞰日月潭美景。
玄奘寺外觀為一仿唐式建築，寺院內樹木參天。
玄奘寺內嚴禁帶飲料、茶葉蛋、葷食、寵物進入大殿，殿內請保持肅靜。寺內有光明蓮花燈供遊客點燈祈福。殿內諸種法器請勿敲打，住持位、出食位請勿跪拜。
一樓角落有善書結緣，紀念章戳供遊客蓋章、一旁有隨喜大悲般若水。
上樓參觀需脫鞋，二樓中間奉祀觀世音普薩，龍爿供奉高僧舍利子。三面牆面上懸掛名人偈賀詞(複印本)、佛學掛圖。
三樓奉祀玄奘大師頭骨舍利，頭骨舍利禁止拍照喔！據說，玄奘大師頭骨舍利現供奉於中國大陸、台灣、日本、印度，九個地方。玄奘三藏法師的舍利真偽問題，前幾年在大陸曾引發一場爭議，主要爭議的焦點在於唐末黃巢之亂時，是否有「黃巢發塔」而導致玄奘三藏法師的遺骸遷葬到終南山紫閣寺，在文獻不足的情況下，雙方各說各話，未有交集。
二、玄奘大師紀念館
玄奘法師文物紀念館於103年3月28日開放參觀，每日8:30-17:00，週二休館。紀念館內有關於玄奘大師的完整介紹及紀錄；館內也有播放大師的故事影片，大約30分鐘左右，館內一隅可抄寫心經，並將抄錄完畢的心經置於玄奘大師法相前供養。
進入館內迎面而來的是一尊莊嚴的「寶瓶觀音」塑像。寶瓶觀音又稱滴水觀音，灑向人間的甘露水，不但是讓久旱逢甘霖，也是對惡人澆冷水，使其猛然省悟。
傳說，七千年前，玄華率領的龍族聯軍和大羅金仙國叛軍打仗，叛軍為大火焚身，疼痛難當，狂風怒號，大地震裂，眾叛軍哀號連連。其中有一女弟子，名喚釋音璇，於心不忍，遂顯現觀音法相，手持淨瓶、柳枝，灑下甘露。當下，化去一場災厄。
館內展示櫃內置四大菩薩塑像。四大菩薩，是佛教信仰中，四尊菩薩的組合，意義因宗派或依據經典而異。 關於四大菩薩有多種說法，在中國最流行的說法是觀音、文殊、普賢、地藏，中國有四大菩薩道場之說，即是四大菩薩的聖地。
文殊菩薩，佛教四大菩薩之一，釋迦牟尼佛的左脅侍菩薩，代表智慧。因德才超群，居菩薩之首，故稱法王子。在佛教中，文殊菩薩被視為三世古佛、七佛之母。
普賢菩薩，佛教四大菩薩之一，釋迦牟尼佛的左脅侍菩薩，是象徵理德、行德的菩薩，與文殊菩薩的智德、正德相對應，被稱為「華嚴三聖」。
觀音菩薩，在大中華地區佛教自唐代開始主要是以蓮華部母白衣觀音為所有觀世音菩薩的本尊；在民間信仰中常被尊稱觀音佛祖、觀音大士、觀音娘娘、觀音媽、白衣大士。在密教中，祂為蓮華部尊，在淨土宗則是西方淨土的大菩薩，與大勢至菩薩分別為阿彌陀佛的左、右脅侍菩薩，並稱「西方三聖」，同時祂也是四大菩薩之一。
地藏菩薩，因其發有‵眾生度盡、方證菩提；地獄不空、誓不成佛〞之大願，故被尊稱為大願地藏菩薩、幽冥教主。亦被尊為佛教四大菩薩之一，與觀音、文殊、普賢一起深受世人敬仰。
西方極樂世界說法圖。
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