魚池鄉舊稱五城堡，早在台灣史前時期，魚池地區即有人類在此活動，日月潭位於魚池鄉，為台灣第二大湖泊，相傳邵族的祖先在狩獵時，因為追逐一頭白鹿，無意中發現饒富魚蝦的日月潭，於是舉族遷此定居，而後平埔族群、漢人也相繼到此拓墾。
邵族歷經清領時期實施的「開山撫番」政策、以武力方式鎮壓原住民的日治時代。昭和7年(1932)日月潭建壩儲水，自清末以來逐漸聚居的邵族石印社，因位於淹沒區內而被迫遷至東南岸的卜吉社。
文武廟位於日月潭北邊山腰處，因日月潭建壩儲水後，當時龍鳳宮、益化堂兩廟有鑑於潭水過高將漫淹二廟於是決議遷廟，在1934年兩廟合一，即為文武廟的前身。民國58年文武廟重建，為北方宮殿式建築，坐東向西背山面湖，為一埕二庭三殿，由著名的澎湖匠師謝自南所規劃設計，建地面積達3508平方公尺。
謝自南(1907-1990)，出生澎湖後窟潭，傳統木造廟宇大木匠師與當代水泥建築的設計師，為大木匠師葉媽利派下，受業於父親謝江，謝江是葉媽利「葉系」唯一的外傳弟子。謝自南曾承包機場與發電廠等多項官方大型工程，亦參與廟宇修建工程達七十餘所，作品遍布澎湖、高雄、日本與新加坡等地。
一、拜殿
進入山門後廟埕左右分峙一對石塑的巨獅，象徵拱衛及歡迎之意，作戲珠擺尾狀，通體朱紅，造型雄渾，高度達6公尺，十分碩大，為新光保險公司董事長吳火獅捐贈。全台僅有三座，其中以日月潭文武廟的石獅最大。
拜殿兩側為鐘鼓樓。拜殿屋頂屬於「重簷歇山式」，鐘鼓樓則採重檐四角鑽尖頂。依古制鋪金黃色琉璃瓦，並置屋脊祥獸。
殿前設步口廊，廊前立二對蟠龍石柱，闢有五扇朱紅色的大門，俗稱「五門」。
拜殿的二樓，有聖旨牌，上題「水雲宮」，「水雲宮」裡供奉著開基神明，也就是原來「益他堂」和「龍鳳宮」的神明，主祀文昌帝君、孚佑帝君、司命帝君及從祀諸神。
黃玉瑤，馬公菜園里人，是黃良的大弟子，日治大正12年(1923)拜黃良學藝，此後就隨著黃良參與馬公城隍廟、鎖港里北極殿、桶盤里福海宮等鑿花工程。日治末期曾主持馬公三官殿的鑿花工程，後來又去台灣跟著黃良雕鑿轎子和各種牌匾，到戰後一段時間才回澎湖繼續做寺廟的鑿花工作。
黃玉瑤回澎湖之後又先後主持和參與過菜園里東安宮、烏崁里靖海宮、前寮里朱王廟、案山里北極殿、西文里祖師廟等鑿花工程；也曾多次赴台承接台灣的寺廟工程，其中比較知名的有台北龍山寺、高雄代天宮和三鳳宮、日月潭文武廟等處。
民國61年在承接日月潭文武廟工程期間，休假回高雄三鳳宮附近一家熟識的電器行選購電視；當時正值中午，電視機裡正播出風靡全國的布袋戲「雲州大儒俠」，當他隨著劇情起伏而沈醉其中而哈哈大笑時，血壓忽然上升，導致腦血管破裂而去世。
二、武聖殿
武聖殿位居全廟正中，是文武廟群築中最大的建築，高度達21公尺，屋頂是「重簷歇山式」。
殿內蜘蛛結網，疊斗14層，頂心明鏡雕鑿「龍形含珠」。神龕內恭祀二位武聖～關聖帝君及岳武穆王，從祀諸神為關平、周倉，及都城隍爺、福德正神。
殿內原有府城彩繪大師陳玉峰派下，蔡草如 (1919-2007)大師的樑枋彩繪，可惜已重繪，只剩神龕後墨龍，但神像擋住難以拍攝彩繪全貌。
台南市文化資產處109年完成蔡草如寺廟彩繪作品調查，蔡草如現存廟宇作品分布台南38間廟宇為大宗，加上高雄、嘉義等地共計51間。就其作品型態，可分為門神、樑枋、壁畫、磁磚畫、石版畫、浮雕、銅雕、木刻門神等類型，多達1535幅作品。然而，最受人們關注的門神彩繪，現今反而留存不多，台南尚存9間廟宇。
三、大成殿
屋頂採用非常罕見的「重檐廡殿式」，是宮殿式建築的最高等級，以表徵孔子的至聖高貴。
大成殿主祀孔子和四聖，正龕安奉孔子，神像複製於北京紫禁城國廟，左龕供奉「復聖」顏回、「述聖」孔伋，右龕供奉「宗聖」曾參、「亞聖」孟軻，左右壁上刻立七十二賢弟子，及歷代發揚道統的賢哲。
五座聖像以青銅雕鑄，為全台僅有。其中孔子、孟子、子思(孔伋)三聖像，原安奉於北京紫禁城國廟。清末聖像為八國聯軍所掠奪，幾經輾轉，安奉於日本。日月潭文武廟於民國68年赴日本，順利完成三聖像複鑄及獻贈、安座等諸事宜。
四、華表與櫺星門
由福建日晟園林古建工程有限公司承制，民國103年竣工。華表柱高15餘米，與櫺星門是目前台灣最為雄偉與最高的原石雕刻宗教藝術。
蔣杰雄，首屆中國石雕藝術大師、福建省工藝美術名人，福建日晟園林古建工程公司董事長、藝術總監。其作品多次榮獲包括中國工藝美術「百花獎」金獎等國家級專業大賽各種獎項。1971年出生，從13歲起學習石雕技術，為惠安石匠第五代，創業以來，深耕台灣市場，上百個寺廟工程項目遍布台灣地區。
「華表」，由下而上是八角須彌底座、流雲蟠龍柱、橫插雲板、圓形承露盤，上置「朝天吼」組成。「華表」為凡間向天上神佛告狀溝通之神器，相傳古時有百姓蒙受不平之冤，可立華表前向天神告狀，天神查明實情後，將幫助洗刷冤屈。
「櫺星門」為廟宇中軸線上的牌樓，天上文星(文昌帝君、魁星…等)下凡必經之門。古代相傳有一學子於櫺星門前立志訂定求學目標，巧遇下凡文星，回家後積極準備應試，得到文星幫助順利完成求學目標。
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